新公开GEO数据集：结直肠癌肝转移配对转录组三件套

核心洞察

先说结论：这个数据集是结直肠癌（CRCColorectal Cancer，结直肠癌。）研究里少见的“三件套”——正常肠粘膜、原发肿瘤、肝转移灶全配对的转录组数据。值得关注的原因是，肝转移是CRC患者死亡的主因，而以往这类配对样本的数据非常稀缺。不过有一点需要注意，22年底提交、25年底才公开，中间可能有机构审查或数据补全的延迟，但样本量和测序深度目前看是够格的。

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核心结论

1. 该数据集包含52个样本，覆盖结直肠癌患者的正常肠粘膜、配对原发肿瘤及肝转移病灶，是罕见的“三件套”配对转录组数据。
2. 肝转移是结直肠癌患者死亡的主要原因，而此前此类配对样本的转录组数据极为稀缺。
3. 数据于2022年12月22日提交，2025年11月26日公开，提交与公开之间间隔约3年（可能因机构审查或数据补全延迟）。
4. 测序平台为Illumina HiSeq 4000（平台编号GPL20301），处理数据文件（GSE221608_processed_data.xlsx）大小为19.9 Mb。

数据集基本信息

状态：2025年11月26日公开
标题：结直肠癌参与者正常肠粘膜组织、配对原发CRC组织及肝转移病灶的转录组测序Transcriptome sequencing，对细胞或组织中的全部RNA进行测序，以分析基因表达水平。
物种：人（Homo sapiens）
实验类型：高通量测序表达谱分析

摘要

为了搞清楚结直肠癌进展过程中的关键调控因子，研究团队对CRC参与者的正常肠粘膜组织、配对的原发CRC组织和肝转移病灶进行了转录组测序。随后，他们基于RNA-seqA sequencing technology that uses next-generation sequencing to measure RNA presence and quantity.获得的组织数据做了基因表达谱分析。

总体设计

转录图谱覆盖了CRC参与者的正常肠粘膜组织、配对原发CRC组织和肝转移病灶。

贡献者与引用

作者：Ni W, Yao S, Li J
引用文献：PubMed ID 41206062
提交日期：2022年12月22日
最后更新：2025年12月10日

联系信息

联系人：Wen Ni
邮箱：wenni_2007@126.com
电话：+86-20-84112828
机构：中山大学
地址：广州市新港西路135号，邮编510275

技术平台

平台：GPL20301（Illumina HiSeq 4000）

样本信息

样本数：52个

关联数据

BioProject：PRJNA915076

补充文件

原始数据：存储在SRA数据库中
处理数据：可在Series记录中获取

常见问题（FAQ）

如何下载GSE221608数据集的转录组数据？

处理数据可从GEOGenerative Engine Optimization (生成式引擎优化), a new strategy to optimize content for AI search engines. Series记录的补充文件下载，包括GSE221608_processed_data.xlsx（19.9 Mb）。原始数据存储在SRA数据库，可通过SRA Run Selector在线访问。

GSE221608数据集包含哪些类型的组织样本？

该数据集包含52个样本，来自结直肠癌患者的正常肠黏膜、配对原发肿瘤组织和肝转移病灶，形成罕见的“三件套”配对转录组数据。

GSE221608数据集的研究目的是什么？

研究旨在通过RNA-seq分析结直肠癌进展中的关键调控因子，特别是肝转移的分子机制，因为肝转移是患者死亡的主要原因。